Im Jahr 1378 als "Wernesgrune" erstmals urkundlich erwähnt. Später war der Ort eine Wüstung. Im 18. Jahrhundert baute das Rittergut Eubabrunn Vorwerk und Häuser für Erlbacher Fröner.
Der Ort gehörte bis ins 19. Jahrhundert hinein zum Amt Voigtsberg.
1935 bis 1937 wurde ein Zollamt und vier Zweifamilienhäuser errichtet und ab 1966 zur „Erholungsanlage des Zentralkomitees der SED“ umgenutzt.
Am 1.1.1999 erfolgte die Eingemeindung von Wernitzgrüns in die Gemeinde Erlbach. Erlbach wurde mit OT 2014 in die Stadt Markneukirchen eingegliedert.

In der Vergangenheit hat der Ort unterschiedliche Namen:
1378: Wernhersgrune deserta
1452: Wernßgrün
1466: Wernitzgrune
1533: Wernitzgrun
1542: Wernuczgruhnn, Werneczgruhnn
1582: Auff der Wörnitzgrun
1634: auff der Wernetsgrün
1752 : Wernitzgrün (HOV)